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黑龙江省第二水文地质工程地质勘察院成立于1978年，是以水工环为基础多业并举的综合性地勘单位，也是各级政府技术支撑单位，凭借先进的管理模式，雄厚的技术力量，良好的社会信誉，确立了在省内同行业中的主导地位。
   
下设三办五科、八分院、一中心。八分院分别是：地热资源勘查院、地质环境院、地质灾害防治研究院、地质遗迹规划设计院、水资源勘查院、地球物理测绘信息院、水环境与农业地质调查院、岩土工程勘察设计院。水勘院现有职工371人，专业技术人员244人，其中研究生及其以上学历31人,教授级高工7人，高级工程师71人（其中注册岩土工程师10人），技术人员中97%都具有大专以上学历。

主要从事水文地质勘查、液体矿产勘查（包括地热与矿泉水）与研究、地质环境调查与评价、地质灾害评估、地质灾害勘察设计与施工、地质公园申报、地质遗迹保护、地质公园与矿山公园规划、水资院论证及地下水影响评价、地球物理勘察、工程地质勘察、工程降排水及水井施工、工程测量、工程监理、国土资源信息化与数字地质、测试分析、固体矿产勘查、地质钻探、土地整理设计等领域。     
   
黑龙江省水勘院是以水工环勘查为主的技术服务单位。经过几代人的不懈努力，水勘院共完成各类勘察项目2300余项，有40多项获省、部级优秀科研成果奖。

地下水资源勘查领域相继完成了哈尔滨市辖区（哈东新城、拉林河谷、五常市、宾县、阿城市、延寿县）、兰西县、拜泉县、逊克县、五大连池等地市水源地勘探项目，伊春鹿鸣矿矿区、多宝山铜矿区为代表的矿区水文地质勘查项目，以及黑河市辖区地下水保护规划项目。矿泉水资源勘查领域陆续完成北安锂矿泉水水源地普查项目、克东县火山鸣泉矿泉水勘查项目、五大连池自然保护区氡矿泉水资源普查、镜泊湖矿泉水资源普查、五大连池市双泉乡向阳村矿水区水文地质勘查、克东县县域天然苏打水资源普查项目等，这些项目为地方城市规划和水资源保护与合理开发利用提供了宝贵的资料；地热勘查领域相继完成了林甸、明水、绥化、肇东、肇州、望奎、克东、萝北、亚布力、哈尔滨白渔泡地热资源勘查等多口地热井勘查施工。浅层地温能领域有哈尔滨市浅层地温能调查评价、黑龙江省浅层地温能调查、哈尔滨市浅层地温能示范利用工程等，这些地热成果分别用于温泉旅游、蔬菜大棚、地热采暖等项目，为地方经济发展做出了巨大的贡献。
   
环境地质与灾害地质领域完成了黑龙江省地质环境图系编制，黑龙江省矿山地质环境调查与综合治理规划，大庆市及周边地区地质环境保护与综合治理，其中地质灾害防治及矿山地质环境治理工程施工有七台河市资源枯竭型城市矿山地质环境治理重点工程、大兴安岭地区松岭区白音河煤矿矿山地质环境治理项目（三期）等，地质灾害勘查有中俄界河塌岸地质灾害调查，黑龙江省重点地质灾害隐患点勘查，黑龙江省地质灾害点核查项目等代表性项目，地质灾害防治工程设计有宁安市江南乡星光村崩塌地质灾害防治工程、牡丹江市天仙宫滑坡地质灾害勘查与防治工程、牡丹江市东宁县庙沟崩塌地质灾害勘查与防治工程伊春市新青区泉林林场崩塌地质灾害勘查与治理项目设计、伊春市南岔区梧桐村三组崩塌地质灾害勘查与治理项目设计等，地质灾害防治工程施工有肇源县四方山崩塌地质灾害勘查与治理项目施工、伊春市南岔区青少年活动中心崩塌地质灾害勘查与治理项目施工、穆棱市下城子镇新民村东沟泥石流地质灾害防治项目施工，地质灾害危险性评估有穆棱市风力电站建设用地地质灾害危险性评估、黑龙江省松花江干流治理工程地质灾害危险性评估项目等。
   
地质公园申报与地质遗迹保护工程有五大连池及镜泊湖世界地质公园申报，兴凯湖国家地质公园申报、黑龙江山口国家地质公园及黑龙江省鸡西恒山国家级矿山公园、伊春红星火山省级地质公园、鹤岗金顶山地质公园、黑龙江省大兴安岭呼中苍山石林地质公园等省级地质公园申报，五大连池世界地质公园重要地质遗迹保护项目、镜泊湖世界地质公园地质遗迹保护及能力建设项目、兴凯湖国家地质公园地质遗迹保护项目、兴凯湖国家地质公园大湖岗地质遗迹保护项目、兴凯湖国家地质公园水上栈桥建设、嘉荫恐龙国家地质公园地质遗迹保护项目第五标段、黑龙江省喀尔喀山玄武岩石林地质公园能力建设项目施工等代表性项目。
   
固体矿产勘查工程有黑龙江省1：5万爱林林场、六合屯、凤山屯幅区域地质矿产调查、黑龙江省萝北县云山林场东部水泥用大理岩矿普查、黑龙江省五大连池市宝神山铁及多金属矿预查等代表性项目。
综合研究领域实施完成了黑龙江省清洁能源矿产开发利用潜力评价与开展战略研究、黑龙江省地热回灌与热泵技术应用研究、五大连池世界地质公园特殊地质遗迹喷气锥、碟破坏的影响因素及保护方案研究，黑龙江省敦密断裂带地热靶区优选，依舒断裂第四纪构造活动研究，哈尔滨地区干热岩资源潜力综合研究，五大连池玛珥湖与盛冰期以来北方古气候演化等，后者为国土资源部科研立项项目。
水资源论证及地下水资源影响评价领域有大唐大庆东城热电联产（2×350MW）新建工程地下水环境影响评价、大唐鸡西热电有限责任公司背压机组扩建项目地下水环境影响评价、黑龙江龙泰煤化工股份有限公司60万吨/年煤制烯烃地下水环评专项水文地质勘察、大庆高新产业开发区规划地下水环境影响评价、哈尔滨市供排水集团朝阳污水处理厂地下水环境影响评价、冀东水泥黑龙江有限公司7200t/d熟料新型干法水泥生产线水资源论证、黑龙江省哈尔滨市“节水增粮”项目水资源论证、黑龙江省逊克县奇克镇供水工程水资源论证、黑龙江省巴彦县西集镇供水水源地勘察工程水资源论证、华润雪花啤酒（哈尔滨）有限公司30万千升/年啤酒迁建项目水资源论证等。
   
工程勘察类代表性项目有雾凇岭公路隧道勘察、绥芬河市新华街桥隧道工程勘察、中山国际工程勘察、城区道路拓宽改造工程-保健路打通工程下穿隧道段工程、哈尔滨江北香格里拉大酒店勘察、中国进出口银行黑龙江省分行工程勘察、哈尔滨市马家沟综合整治工程项目补充勘察等，工程降排水类代表性项目有哈尔滨市第一医院改扩建工程降排水工程、麦凯乐购物休闲中心降排水工程、哈尔滨市政府办公大楼及配套工程、松浦观江国际基坑降排水工程等。
   
这些领域项目中多项为国家级和省级重点项目，目前水勘院为省政府地质环境管理的技术支撑单位，全省质量效益型先进单位。

目前，水勘院持有建设部颁发的工程勘察综合类甲级资质;国土资源部授予的地质勘查甲级资格、地质灾害防治工程勘查、设计、施工和危险性评估四项甲级资质;拥有商务部授予的对外合作经营资格;还有黑龙江省水利厅颁发的水文、水资源调查评价与水资源论证乙级资质,黑龙江省测绘局颁发的乙级测绘资质，单位通过ISO9001-2008国际质量体系认证。